この違いはなかなか説明が難しい。
人それぞれ、同じ言葉でも、捉え方が違うものですから。
私は昔から団体行動をすると、疲れるので、きっと孤独を好むタイプだと思います。
本を読んだり、音楽を聴いたり、映画を観たり・・・１人でいて「暇だ！」と思った事は一度たりともないのですが、孤立となると事情が変わってきそうです。
私の解釈では「孤立」は自ら選んだものではなく、そうなってしまった、ことを指すのではないでしょうか？
人は自ら孤独な状況を選んだにも関わらず、孤独を感じることもありますし。
人は人を必要としたり、避けたくなったり、人恋しくなったり、鬱陶しくなったり。
他人にあれやこれやと言われること無く常に自ら選んだ状況を(選択により孤独や孤立に追いやられても)良しとして、いいと思います。